Surgimento da ciência: O pensamento científico surgiu na Grécia Antiga com os pensadores pré-socráticos que foram chamados de Filósofos da Natureza e também Pré-cientistas. Nesse período a sociedade ocidental saiu de uma forma de pensamento baseada em mitos e dogmas para entrar no pensamento científico baseado no Ceticismo.
O pensamento dogmático coloca as ideias como sendo superiores ao que se observa. O Pensamento Cético coloca o que é observado como sendo superior às ideias. Por mais que se observe fatos que destruam o dogma, uma pessoa com pensamento dogmático preservará o seu dogma. Para a ciência uma teoria é uma ideia, mas se observarmos fatos que comprovem a falsidade da ideia, o cientista tem a obrigação de destruir ou modificar a teoria.
Na época de Sócrates e seus contemporâneos, o pensamento científico se consolidou, principalmente com o surgimento do conceito de prova científica, ou repetição do fato observado na natureza.
Tanto as religiões como a ciência tentam descrever a natureza. A diferença está na forma de pensar. O cientista não aceita descrever o natural com o sobrenatural, para ele é necessária a observação de provas que eventualmente destroem as ideias. Para um cientista a ciência é uma só, pois a natureza é apenas uma. Sendo assim, as ideias da física devem complementar as ideias da química, da paleontologia, geografia e assim por diante. Embora a ciência seja dividida em áreas, para facilitar o estudo, ela ainda continua sendo apenas uma.
Matemática e o método científico: A Matemática é essencial para muitas ciências. A função mais importante da Matemática na ciência é o papel que ela possui na expressão de modelos científicos. Medidas de coleta e observação, bem como hipotetizar e prever, geralmente requerem modelos matemáticos e um extensivo uso da Matemática. Os ramos matemáticos mais utilizados na ciência incluem o cálculo e a estatística, apesar de virtualmente cada ramo da Matemática ter aplicações, mesmo áreas "puras" tais como a teoria numérica e a topologia. A Matemática prevalece mais nas ciências naturais como Física e Química, e figura em menor nível em algumas ciências sociais, mas encontra-se de alguma forma presente em todas as ciências.
Alguns pensadores vêem os matemáticos como cientistas, considerando os experimentos físicos como não essenciais ou as provas matemáticas como equivalentes a experimentos. Outros não vêem a Matemática como ciência, já que ela não requer teste experimental de suas teorias e hipóteses. Em qualquer caso, o fato de que a Matemática é uma ferramenta útil na descrição do universo é uma questão da Filosofia da Matemática.
Richard Feynman disse "A Matemática não é real, mas se sente real. Onde é esse lugar?", enquanto que a definição favorita de Bertrand Russell sobre a Matemática é "o assunto no qual nunca sabemos do que estamos falando nem se o que estamos dizendo está certo."
De qualquer forma, a matemática, mesmo não se configurando por si só como ciência, é uma ferramenta essencial à ciência. Dentre todas as possíveis linguagens que poderiam ser utilizadas para a descrição da natureza em alternativa à matemática, a matemática é, em proporção similar à comparação entre um átomo e todo o universo conhecido, a mais versátil, simples, e eficaz, e por tal, a universalmente eleita: simplesmente indispensável. A natureza escreve-se em linguagem matemática.
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